Það eru til margar tegundir af býflugnudýrum. Í stuttu máli eru smitsjúkdómar og skordýraeitur og ekki smitsjúkdómar og skordýr meindýr af völdum líffræðilegra þátta og líffræðilegra þátta. Smitsjúkdómar og skordýraeitur skiptast í ífarandi sjúkdóma og skordýraeitur af völdum sjúkdómsvaldandi örvera og ágengra sjúkdóma og skordýraeitur af völdum sníkjudýra samkvæmt mismunandi smitaðferðum.
Helstu smitsjúkdómar og skordýraeitur býflugur eru:
(1) Veirusjúkdómar.
Það eru aðallega cystic lirfusjúkdómar, lömunarveiki, býflugnasjúkdómur, skýjavængveirusjúkdómur, egypskur býveirusjúkdómur og svo framvegis.
(2) Bakteríusjúkdómur.
Það eru aðallega amerískir lirfusjúkdómar, evrópskir lirfusjúkdómar, blóðþrýstingslækkun og paratyphoid hiti.
(3) Spiroplasmosis.
Aðallega býflugur.
(4) Sveppasjúkdómur.
Aðallega fela í sér krítarsjúkdóm, aflatoxín sjúkdóm og sortuæxli í eggjastokkum.
(5) Frumdýrasjúkdómur.
Aðallega fela í sér býflugormasjúkdóm, býflugur og svo framvegis.
(6) Sníkjudýrsmítlar.
Það eru aðallega Varroa arachnid (stór býflugur), bjartur heitur maur (lítill býflugur), og býflugna skjöldur (barkamý).
(7) Sníkjudýr og þráðormar.
Það eru aðallega býflugur, hnúfubakur, kóríanderblá, hringfluga, býfluga og þráðormur.
Helstu sjúkdómar sem ekki smitast og skordýraeitur býflugna eru krullaukasjúkdómur, frosin lirfur, eggjakrabbamein, jujube-blómasjúkdómur, kamelíueitrun, hunangseitrun hunangs, frjókorna, nektar og skordýraeitrunareitrun.
Að auki, samkvæmt skordýraástandi sjúkra býflugna, eru býflugnasjúkdómar og skordýr meindýr aðallega með býflugaeggasjúkdóm, lirfusjúkdóm, býflugnapúpu og fullorðinn býflugnasjúkdóm.




